Flora Prokletija u velikoj mjeri ima karakter srednjeevropske flore, sa značajnim učešćem arkto -alpijskih i submediteranskih elemenata. Veliki broj vrsta su endemične, endemoreliktne, reliktne, rijetke, a mnoge vrste su  ljekovite i medonosne.

Bogatstvo vaskularne flore Prokletija procjenjuje se na blizu 2000 vrsta, te se ovaj planinski masiv može smatrati jednim od floristički i vegetacijski najbogatijih na čitavom Balkanskom poluostrvu.

Na Prokletijama je zabilježen veliki broj endema koji čine značajan dio endemične flore Balkanskog poluostrva. Osnovni generatori endemizma su izuzetna geološka raznovrsnost, gromadnost, visina, relativno dobro izražena izolovanost, ali i, uprkos tome, povezanost Prokletija sa drugim visokim planinama centralnog dijela Balkanskog poluostrva. Lokalni endemiti predstavljaju najinteresantniju i najznačajniju, ali često i najrizičniju grupu, sa stanovišta očuvanja genske i specijske raznovrsnosti.

Od 415 zaštićenih biljnih vrsta u Crnoj Gori, Rješenjem Republičkog zavoda za zaštitu prirode Crne Gore, na prostoru Prokletija nalazi se 60. Na osnovu međunarodnih kodeksa i kriterijuma, na području Prokletija registrovano je prisustvo 42 vrste od međunarodnog značaja, odnosno 42 globalno značajne vrste koje su zbog stepena ugroženosti uključene u Evropsku crvenu listu.